Kamen Rider 913 adalah adaptasi manga yang berfokus pada karakter Masato Kusaka, karakter pendukung dalam seri Kamen Rider 555. Setelah meninggalkan rumah orang tua angkatnya, Kusaka memutuskan untuk menempuh jalannya sendiri. Namun, di dunia ini terdapat makhluk-makhluk yang berjuang untuk menguasai planet ini, mereka yatim piatu dan menderita pembunuhan manusia oleh makhluk-makhluk tersebut. Di tengah perjuangan ini, Kusaka bertemu dengan kenalan lama dari masa lalunya dan juga Kaixa Gear. Sejak saat itu, kisah baru untuk seorang pengemudi baru akan dimulai.